Если работы по реконструкции объекта основных средств были оплачены за счет бюджетных субсидий, входной НДС по этим работам можно принять к вычету. Письмо Минфина России от 11 ноября 2015 г. № 03-07-11/65021.

В рассматриваемом письме Минфин России напомнил, что организации и предприниматели вправе уменьшать сумму НДС, исчисленную к уплате в бюджет, на суммы входного НДС по товарам (работам, услугам), которые приобретаются для облагаемых НДС операций (п. 1, 2 ст. 171 НК РФ).

Финансисты отметили, что в Налоговом кодексе не предусмотрено никаких особенностей для применения вычетов по товарам (работам, услугам), которые приобретаются за счет бюджетных средств.

Следовательно, если работы подрядной организации по реконструкции основного средства были оплачены з счет субсидий из бюджета, то входной НДС по таким работам можно принять к вычету в общеустановленном порядке (ст. 171, 172 НК РФ).

Чиновники также коснулись темы начисления амортизации по реконструированному зданию, если объект на время реконструкции не являлся амортизируемым имуществом.

Напомним, что пункт 3 статьи 256 Налогового кодекса гласит: из состава амортизируемого имущества исключаются, в том числе основные средства, находящиеся на реконструкции и модернизации свыше 12 месяцев. Исключение составляют случаи, когда основные средства в процессе реконструкции (модернизации) продолжают использоваться в деятельности, направленной на получение дохода.

Вместе с тем, амортизация по имуществу начисляется с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором объект был введен в эксплуатацию, независимо от даты государственной регистрации этого имущества (п. 4 ст. 259 НК РФ).

Значит, по объекту основных средств, который ранее был исключен из состава амортизируемого имущества в связи с реконструкцией, начисление амортизации нужно продолжить с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором этот объект снова был введен в эксплуатацию после реконструкции.

Отметим, что ситуация с вычетом НДС, оплаченным за счет средств из бюджета, является спорной. Обычно налоговики считают необоснованным возмещение НДС по счетам-фактурам, которые оплачены за счет средств целевого финансирования и бюджетных субсидий. Однако суды с ними не согласны.

Так, в постановлении ФАС Поволжского округа от 19 августа 2008 г. № А65-27753/07 арбитры заявили, что налоговое законодательство не ставит право на возмещение НДС в зависимость от источника поступления на счета налогоплательщика денежных средств, использованных для расчетов за приобретаемые товары. Бюджетные средства в форме субсидии поступают на счета налогоплательщика для пополнения его оборотных средств, и, приобретая товары, он рассчитывается ими как собственными денежными средствами. Аналогичное мнение выражено в постановлениях ФАС Волго-Вятского округа от 28 сентября 2006 г. № А82-19017/2005-28 и ФАС Уральского округа от 10 марта 2006 г. № Ф09-1321/06-С2.